中央生態環境保護督察一般包括督察準備、督察進駐、下沉督察、督察報告、督察反饋、整改落實等6個程序環節。

督察準備工作主要包括5個事項，一是向黨中央、國務院有關部門和單位了解被督察對象的有關情況及其問題線索；二是組織開展必要的摸底排查；三是確定組長、副組長人選，組成中央生態環境保護督察組，開展動員培訓；四是制定督察工作方案；五是印發督察進駐通知，落實督察進駐各項準備工作。

中央生態環境保護督察進駐時間，一般由具體督察任務確定。根據之前督察進駐的時間來看，一般是一個月時間。

在督察進駐期間，主要是聽取被督察對象工作匯報和有關專題匯報，與被督察對象黨政主要負責人和其他有關負責人進行個別談話，受理人民群眾生態環境保護方面的信訪舉報，調閱、復制有關文件、檔案、會議記錄等資料，對有關地方、部門、單位以及個人開展走訪問詢，針對問題線索開展調查取證，并可以責成有關地方、部門、單位以及個人就有關問題做出書面說明。

在督察進駐期間，督察組還可以召開座談會，列席被督察對象有關會議，到被督察對象下屬地方、部門或者單位開展下沉督察，并提請有關地方、部門、單位以及個人予以協助；針對督察發現的突出問題，還可以視情對有關黨政領導干部實施約見或者約談。

督察進駐結束后，督察組應當在規定時限內形成督察報告，如實報告督察發現的重要情況和問題，并提出意見和建議。

督察報告應當以適當方式與被督察對象交換意見，經中央生態環境保護督察工作領導小組審議后，報黨中央、國務院。

督察報告經黨中央、國務院批準后，由中央生態環境保護督察組向被督察對象反饋，指出督察發現的問題，明確督察整改工作要求。

督察結果作為對被督察對象領導班子和領導干部綜合考核評價、獎懲任免的重要依據，按照干部管理權限送有關組織部門和人事部門。

被督察對象應當按照督察報告，抓緊研究制定整改方案，在督察反饋會后30個工作日內報送黨中央、國務院。

被督察對象應當按照督察整改方案要求抓好整改落實工作。

整改方案和整改落實情況，都要按照有關規定向社會公開。

中央生態環境保護督察辦公室應當對督察整改落實情況開展調度督辦，并組織抽查核實。對整改不力的，視情采取函告、通報、約談、專項督察等措施，壓實責任，推動整改。

督察組還要加強邊督邊改工作。對督察進駐過程中人民群眾舉報的生態環境問題，以及督察組交辦的其他問題，被督察對象應當立行立改，堅決整改，確保有關問題查處到位、整改到位。